El incremento en la demanda de recursos naturales es el origen para que las amenazas sobre la biodiversidad del Golfo de California se estén intensificando notablemente. Éstas causan el deterioro de ecosistemas terrestres, costeros y marinos por la disminución de los escurrimientos de agua dulce, contaminación por agroquímicos y desechos urbanos, por tasas altísimas de sedimentación, y por el uso de tecnologías pesqueras de alto impacto ambiental, como las redes de arrastre de camarón.
Hábitat críticos como los bosques de manglar se están perdiendo a una tasa anual de 9% debido a la sedimentación, eutroficación (exceso de nutrientes) y a cambios en los patrones hidrológicos debido a la construcción de granjas camaronícolas, marinas, canales de mar hacia tierra y a la deforestación. La invasión de plantas y fauna exótica está poniendo en riesgo las especies nativas y endémicas de las islas y desiertos de la región.

ESFUERZOS DE CONSERVACIÓN

Tanto el gobierno mexicano como las organizaciones conservacionistas y el sector privado han desarrollado acciones para la protección de la increíblemente rica y amenazada biodiversidad de la región. Dentro de los límites geográficos de la misma, hasta el 2003 se han establecido 11 Áreas Naturales Protegidas con una extensión de 43,196 Km2 donde la mayor parte son áreas terrestres que cubren el 8.3% del total de la superficie regional; mientras que únicamente el 2.9% del área marina se encuentra con algún estatus de protección.

Adicionalmente se están desarrollando otras iniciativas como el Ordenamiento Ecológico Regional, el desarrollo de capacidades para la conservación a través de la coordinación de esfuerzos regionales entre organizaciones conservacionistas integradas en una alianza; además de un gran número de iniciativas para la conservación de humedales, el co-manejo para los recursos pesqueros ribereños, la disminución del impacto de la pesca industrial de camarón, estrategias para la recuperación de especies en peligro de extinción, así como la protección efectiva de las islas y otras áreas a través de la educación ambiental